Lamarck lamentó que en su tiempo la historia natural se limitase a la clasificación de las diferentes formas de vida. Esa labor, que consideró importante, debería fundamentarse en una “filosofía” que indagase en estas formas de vida, en su naturaleza y sus conexiones: “llegar a conocer bien un objeto, hasta en sus más mínimos detalles, consiste en comenzar por considerarle en su totalidad, examinando, por de pronto, ya su masa, ya su extensión, ya el conjunto de las partes que lo componen; por indagar cuál es su naturaleza y su origen, cuáles son sus relaciones con los otros objetos conocidos; considerarle desde todos los puntos de vista que puedan ilustrarnos sobre todas las generalidades que le conciernen”. De ese modo, el conocimiento científico se establecería, rectificándose y ampliándose; acercándonos a conocer el “plan de la Naturaleza” y sus leyes.
La observación de la gran variedad de especies existentes y su “perfecta” adaptación a las circunstancias en que se desarrollaban le llevó a formular una disyuntiva: o todas las especies se habían creado adaptadas a las diferentes condiciones existentes en la Tierra y estas condiciones no se habían alterado desde esa creación, como era aceptado en su época, o las especies habían evolucionado para adaptarse a los diferentes cambios que habrían experimentado los hábitat en los que se desarrollaron.
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